Про цю породу кішок дуже багато може розповісти її походження. Це стосується як зовнішнього вигляду тварин, так і їх звичок і особливостей характеру.
Мейн-куни відносяться до «аборигенных» пород, тобто до певних місцевих природних умов, що сформувалися в силу.
Найвірогіднішою версією вважається така: мейн-куни походять від схрещування короткошерстих домашніх котів та довгошерстих котів, які були завезені на територію Америки вікінгами. Цю теорію підтверджує генетичні дослідження представників породи мейн-кун, які підтвердили їхню близькість до норвезьких лісових кішок.
Зовнішній вигляд менських єнотовидних кішок обумовлений суворим кліматом штату Мен: звідси і їхня пухнастість, і довга шерсть, і навіть пензлики на вухах (які багато хто помилково приписує спорідненості з рисями).
Вперше кішки цієї породи згадуються у 1861 році, у статті про кота Капітана Дженкса з корабля «Морський кінь». Приблизно тоді ж мейнські «єнотики» вперше привернули увагу заводчиків… але невдовзі поступилися популярності перським котам.

Перші стандарти породи були сформульовані CFA у 1908 році, а у 1967 вони були прийняті у своєму сучасному вигляді.
Новий виток слави менські єнотоподібні кішки отримали в 90-х роках ХХ століття і з кожним роком вони все більше поширюються по всіх континентах земної кулі.
Важливий факт: з 2002 року CFA офіційно дозволило схрещування мейн-кунів із сибірською породою кішок, турецькою ангорою та норвезькими лісовими кішками.